يمنح المعهد ثلاث تخصصات لطلاب البكلوريوس:

• تخصص الفقه وأصوله
• تخصص أصول الدين
• تخصص فقه ودعوة
• ويمنح تخصص واحد للإناث: تخصص الدراسات الإسلامية

ويكون التخصص بعد دراسة العلوم الشرعية الأساسية لمدة سنتين حيث يقوم المعهد بعد ذلك بتوزيع استمارات خاصة لاختيار التخصص، ويدرس الطالب في تخصصه الواحد 135 ساعة معتمدة، مقسمة على ثمانية فصول دراسية، كما يطالب الطالب بحفظ 12 جزءاً من القرآن الكريم بداية من سورة البقرة أي بواقع جزء ونص من القرآن الكريم في كل فصل دراسي.

أما بالنسبة للطالبات فيطرح المعهد تخصصاً واحداً هو (الدراسات الإسلامية) وتدرس فيه الطالبة 135 ساعة معتمدة، مقسمة على ثمانية فصول دراسية، ويطبق عليها النظام نفسه المطبق على الطالب مع بعض الخصوصيات التي تراعى فيها أوضاع الطالبات لخصوصية الجنس النسائي.