بدأ المعهد عطاءه العلمي عام 1977م باسم معهد إعداد القضاة والإمامة والخطابة وصدر بحقه مرسومان سلطانيان الأول رقم 24/ 86 باسم معهد القضاة الشرعي والوعظ والإرشاد والذي نص على أهداف المعهد ومنهجيته التعليمية والمستحقات المالية للطلبة والخريجين على أن يتبع وزارة العدل والأوقاف والشؤون الإسلامية كما صدر المرسوم الثاني رقم 6/99 بتحديد اختصاصات وزارة الأوقاف والشؤون الدينية واعتماد هيكلها التنظيمي الذي اشتمل على معهد العلوم الشرعية ويتبع معالي الشيخ الوزير وفي عام 2000 بدأ المعهد بقبول الطالبات للدراسة بعد أن كانت الدراسة بالمعهد مختصره على الطلاب.